hkr.sePublications
Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Characteristics of Ion Torrent sequencing data for the detection of mosaics
Kristianstad University, School of Health and Society.
2016 (English)Independent thesis Advanced level (degree of Master (One Year)), 20 credits / 30 HE creditsStudent thesisAlternative title
Egenskaper för Ion Torrent sekvensering vid analys av mosaicism (Swedish)
Abstract [en]

Hemophilia A (HA) is an X-linked recessive bleeding disorder that usually occurs in males. HA is caused by mutations in the F8-gene that causes deficiency of clotting factor VIII. Circa 60 % of all diagnosed patients are sporadic, i.e. the index case is the first known case in the family. About 80 % of all mothers of boys with sporadic HA are carriers while about 20 % are non-carriers. Previous studies have shown that the mothers can also be mosaics and carry the mutation only in a small fraction of all their cells. Mosaic mutations can be difficult to detect because the frequencies of the mutations can be very low. Ion Torrent sequencing is based on sequencing in parallel many single DNA molecules. The amplified fragments are diluted so that a majority of them end up as single molecules, each one in its own reaction, which allows the frequency determination of rare alleles through analysis of many independent copies of the same region. Using a universal adapter strategy makes the analysis universal, which gives a great advantage for the analysis of the large spectrum of different mutations that causes HA. The aim of this study was to investigate the properties and sensitivity of Ion Torrent sequencing for rare allele detection. It will also be used to investigate the presence of mosaicism among 11 mothers of boys with sporadic HA. The mothers had earlier been identified as non-carriers using Sanger sequencing which is the conventional method for mutation screening. The limit of detection (LOD) was determined for each specific disease-causing mutation position using the observed mutation frequency in all other mothers that had no relation to that specific mutation. The noise level in the system cannot be completely avoided, but the method provides a great opportunity to both identify the disease-causing mutation as well as detect mosaics as long as you have control of the noise level. Different types of noise were both identified and mastered. Mosaicism was detected in two cases among the 11 investigated mothers. It is important to detect mothers with mosaicism in a diagnostic perspective to make prenatal diagnosis as accurate as possible.

Abstract [sv]

Hemofili A (HA) är en blödningssjukdom som har en X-kromosomal recessiv nedärvning. Risken för att pojkar drabbas är därför mycket större än den är för flickor. Sjukdomen orsakas av mutationer som uppstår i F8-genen, som i sin tur orsakar en brist eller defekt på koagulationsfaktor VIII. Ungefär 60 % av nydiagnostiserade patienter är sporadiska fall, dvs. första kända fallet i familjen. Hos de sporadiska fallen så är ca 80 % av mödrarna bärare, medan ca 20 % av dem inte är bärare. Tidigare studier har visat att modern också kan vara en mosaik och bära på mutationen endast i vissa celler. En mosaicism kan vara svår att detektera på grund av att mutationen kan finnas i en låg frekvens. Ion Torrent sekvensering är en metod som är baserad på att sekvensera många enstaka molekyler parallellt. Med en begränsande utspädning -”limiting dilution”- av de amplifierade fragmenten analyseras majoriteten av dem som enstaka oberoende molekyler; var och en i sin egen PCR reaktion. Detta i sin tur tillåter frekvensbestämning av sällsynta alleler mot en vildtyps bakgrund. Strategin att använda universella adaptrar gör analysen universell, vilket är en stor fördel vid analys av det stora spektrum av mutationer som orsakar HA. Studien syftar till att undersöka egenskaperna och känsligheten hos Ion Torrent sekvensering vid mutationsdiagnostik av sällsynta alleler, men även att analysera mosaikförekomsten hos 11 mödrar till pojkar med HA som tidigare bedömts som icke-bärare med den konventionella metoden för mutationsscreening (Sanger sekvensering). Detektionsnivån för Ion Torrent sekvensering bestämdes specifikt för varje enskild sjukdomsframkallande mutation. Detta gjordes genom analys av felfrekvensen i dessa positioner hos de mödrar som inte tillhörde familjen där mutationen fanns. I systemet uppstod det olika typer av brus som inte kan undvikas, men så länge som dessa kan bemästras så ger Ion Torrent sekvensering en god möjlighet att både identifiera den sjukdomsframkallande mutationen samt att detektera sällsynta målmolekyler mot en komplex vildtypsbakgrund. Mosaicism detekterades i olika frekvens i två fall av de 11 analyserade. Eftersom mödrar som är mosaiker har en större risk att sprida mutationen vidare till nästa generation är det viktigt att upptäcka detta för att göra en så korrekt prenatal diagnostik som möjligt.

Place, publisher, year, edition, pages
2016. , 41 p.
Keyword [en]
Ion Torrent sequencing, Haemophilia A, HA, Mosaics, Next Generation Sequencing, NGS methods
National Category
Biomedical Laboratory Science/Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:hkr:diva-15307OAI: oai:DiVA.org:hkr-15307DiVA: diva2:906790
Subject / course
Biomedical Laboratory Science
Educational program
Bachelor of Science in Biomedical Laboratory Science
Presentation
2016-01-13, 10:28 (Swedish)
Uppsok
Life Earth Science
Supervisors
Examiners
Available from: 2016-05-04 Created: 2016-02-25 Last updated: 2016-05-04Bibliographically approved

Open Access in DiVA

No full text

By organisation
School of Health and Society
Biomedical Laboratory Science/Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar

Total: 53 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf