hkr.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Detection of plasmid families carrying ESBL genes in clinical and environmental E. coli and K. pneumoniae isolates
Högskolan Kristianstad, Fakulteten för naturvetenskap.
2019 (Engelska)Självständigt arbete på grundnivå (yrkesexamen), 10 poäng / 15 hpStudentuppsats (Examensarbete)Alternativ titel
Detektion av plasmidfamiljer som bär ESBL-gener i E. coli och K. pneumoniae isolerade från klinik och miljö (Svenska)
Abstract [en]

Extended Spectrum β-Lactamases (ESBLs) are produced by the Enterobacteriaceae bacterial family, mainly by E. coli and K. pneumoniae. As these species are some of the main causes of urinary tract infections and sepsis, ESBL-production is of major concern.

Occurrence of ESBLs also gives rise to concern as it is increasing epidemically. This because the genes coding for ESBLs (i.e. bla-genes) are located on plasmids replicating and spreading the replicated copies independently. Plasmids replicate by replicons. Plasmids with the same replicon variant are grouped into the same plasmid family.

The aim of this study was to detect plasmid families carrying bla-genes in E. coli and K. pneumoniae from clinical (n = 6) and environmental water (n = 22) isolates. Plasmid family prevalence was examined. Association between plasmid families and bla-genes was also examined.

Plasmid families were detected by a PBRT kit (PCR Based Replicon Typing), a multiplex PCR kit that detected 30 replicons, whereof 27 replicons representing the 27 plasmid families in Enterobacteriaceae, and three novel replicons.

The IncF plasmid family was the most prevalent for both species in both clinical and environmental isolates. IncF seemed to be prevalent for all examined ESBLs, but it was difficult to associate one bla-gene with one plasmid family as most isolates carried several bla-genes and several plasmid families.

Abstract [sv]

Extended Spectrum β-Lactamases (ESBLs) produceras av bakteriefamiljen Enterobacteriaceae, främst av E. coli och K. pneumoniae. Eftersom dessa arter är bland de vanligaste orsakerna till urinvägsinfektioner och sepsis är ESBL-produktion ett allvarligt problem.

ESBL är också oroande eftersom det sprids epidemiskt. Detta möjliggörs av att generna som kodar för ESBLs (s.k. bla-gener) ligger på plasmider, som replikerar och sprider de replikerade plasmidkopiorna självständigt. Plasmider replikeras som s.k. replikon. Plasmider med samma replikonvariant tillhör samma plasmidfamilj.

Syftet med detta arbete var att detektera plasmidfamiljer som bär bla-gener i E. coli och K. pneumoniae isolerade från kliniska prov (n = 6) och miljöprov (n = 22) från Helge Å. Plasmidfamiljernas prevalens undersöktes, liksom sambandet mellan plasmidfamiljer och bla-gener.

Plasmidfamiljerna detekterades med ett PBRT-kit (PCR Based Replicon Typing), ett multiplext PCR-kit som detekterade 30 replikon varav 27 replikon som representerar de 27 plasmidfamiljer som finns i Enterobacteriaceae och tre nya replikon.

Plasmidfamiljen IncF var vanligast förekommande i båda arter i både kliniska isolat och miljöisolat. IncF verkade förekomma för alla undersökta typer av ESBL, men det var generellt svårt att förknippa en bla-gen med en plasmidfamilj, eftersom de flesta isolaten bar flera bla-gener och flera plasmidfamiljer.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2019. , s. 33
Nyckelord [en]
β-lactamases, ESBLs, bla-genes, plasmid families, incompatibility groups, replicon typing, E. coli, K. pneumoniae
Nationell ämneskategori
Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:hkr:diva-19666OAI: oai:DiVA.org:hkr-19666DiVA, id: diva2:1336104
Ämne / kurs
Biomedicinsk laboratorievetenskap
Utbildningsprogram
Biomedicinska analytikerprogrammet
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2019-07-11 Skapad: 2019-07-09 Senast uppdaterad: 2019-07-11Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(653 kB)26 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 653 kBChecksumma SHA-512
7f4369b2a0862326b1d2bc745ecb2d48813c577f7f7fd88fb9b9ca8a68096132f4e1dca1b8a8714bd1a42bad35d13f529e15249b3b424e3f7255645e8fad1e4a
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Nilsson, Johanna
Av organisationen
Fakulteten för naturvetenskap
Biomedicinsk laboratorievetenskap/teknologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 26 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 107 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • harvard1
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf