Vibrio parahaemolyticus är en marin bakterie som människan kan få i sig via fisk och skaldjur eller genom att bada i vattnet med höga koncentrationer av denna bakterie och som kan orsaka mag- och tarminfektioner, öroninfektioner, sårinfektioner och till och med blodförgiftningar. Bakterien är patogen även för marina organismer. Eftersom ökad koldioxidhalt leder till havsförsurningen som kommer att försvaga immunsystem hos marina organismer är det viktigt att studera genuttrycket hos V. parahaemolyticus vid lägre pH för att få kunskap om den blir lika virulent. Syftet med denna studie är att jämföra bakteriens överlevnad i marint vatten och artificiellt vatten (ASW) eftersom det senare ofta används i laborativa studier av marina bakteriers egenskaper och funktion, samt att jämföra fyra kommersiella kit (TRIzol Max Bacterial RNA Isolation Kit Life Technologies), RNeasy Mini Kit (Qiagen), NucleoSpin RNA Plus (Macherey-Nagel) och SV Total RNA Isolation Kit (Promega)) för RNA extrahering både från bakterier i log-fasen vid rekommenderat bakterieantal och marint vatten vid lågt bakterieantal. Bakterierna överlevde lika bra i båda sorters vatten. När det gäller RNA extrahering gav TRIzol högst RNA-mängd, men sämre kvalitet, speciellt i extraherat från marint vatten. NucleoSpin gav lite högre RNA-mängd än Qiagen, men kvalitet hos RNA extraherat med Qiagen uppskattades som lite bättre när provet kördes ut på gel. Detta och mycket kort extraheringstid, samt bättre säkerhet och enklare steg kan göra att man föredrar NucleoSpin och Qiagen framför TRIzol.

Vibrio parahaemolyticus is a marine bacterium that humans can ingest through fish and shellfish or when exposed to seawater with high concentration of the bacteria, and it can cause gastrointestinal illness. It can also cause infection in ears and wounds. V. parahaemolyticus may be pathogenic to marine organisms. Since increased carbon dioxide concentration in the atmosphere may lead to ocean acidification, which will weaken the immune systems of marine organisms, it is important to study gene expression in V. parahaemolyticus at lower pH in order to know if it is as virulent in lower pH as in the pH of today. The aim of this study is firstly to compare bacterial survival in natural seawater and artificial seawater (ASW). 4

ASW is often used for studying of marine bacteria in laboratory work. Secondly, the study aims to compare four commercial kits (TRIzol Max bacterial RNA Isolation Kit, RNeasy Mini Kit (Qiagen), NucleoSpin RNA Plus and SV Total RNA Isolation Kit (Promega)) for RNA extraction from both log-phase at the recommended bacterial counts and marine water at low bacterial counts. Results show that the bacteria survived equally well in both kind of water. As for RNA extraction, TRIzol gave the highest RNA yield but lower quality, especially when extracted from bacteria in natural marine waters. NucleoSpin gave little higher RNA yield than the Qiagen, but the quality of the RNA extracted with Qiagen was estimated as the highest compared to other kits. This together with very short extraction time, as well as better security and easier steps can be a reason to prefer Qiagen and NucleoSpin than TRIzol.